Nelle prime campate della navata maggiore al centro della volta la serraglia presenta un profeta: qui c’è soltanto una croce bianca in campo rosso. È lo stemma del Comune di Como, un modo per riconoscere che la Cattedrale è anche il Duomo, la casa comune dei cittadini.
Lo stendardo esposto nella teca sul lato nord è stato posizionato lì nel 2017 nell’ambito della riorganizzazione dei percorsi turistici all’interno della Cattedrale. Su questo lato è raffigurato Cristo crocifisso fra Maria e Giovanni Evangelista, parzialmente nascosti del gruppo dei laici, confratelli e consorelle della Confraternita di S. Abbondio inginocchiati e in preghiera, allo stesso livello della Maddalena che abbraccia la croce. Si noti come il gruppo dei ritratti maschili corrisponda a Giovanni, quello femminile a Maria, che sta nella posizione canonica, alla destra di Cristo. Sull’altra faccia dello stendardo il gruppo maschile assume la consueta posizione privilegiata, a destra di S. Abbondio.
Lo stendardo fu dipinto nel secondo decennio del Cinquecento. La teca fu disegnata dall’arch. Federico Frigerio nel 1901.
Sembra che i dipinti della volta di Gabetta e Fontana (1839) siano stati pensati a corollario dello stemma di Como:
S. Faustina monaca e S. Liberata monaca
S. Andrea Avellino prete e S. Giovanni Nepomuceno
S. Pietro Martire e S. Lucia vergine martire
S. Proto martire e S. Giacinto martire
Se infatti sant'Andrea Avellino e san Giovanni Nepomuceno erano oggetto di un culto recente e si potevano associare in quanto entrambi sacerdoti e protettori rispettivamente dai pericoli di morte improvvisa e di naufragio, i santi Pietro Martire e Lucia sono intimamente legati alla storia di Como e sentiti come protettori della città: il primo, frate domenicano inquisitore e priore di San Giovanni Pedemonte, ucciso nel 1252, fu proclamato compatrono di Como nel 1691; all’intercessione di santa Lucia si attribuiva invece la pacificazione tra le fazioni guelfe e ghibelline avvenuta con la pace di Santa Lucia (13 dicembre 1439) stipulata nel convento di San Francesco.
I santi Proto e Giacinto, le cui reliquie si conservano nell'altare maggiore, erano già raffigurati nel polittico di facciata (Tommaso Rodari 1485) e nella porta della Rana (1507).
Le statue di apostoli sui piloni sono quelle di S. Giacomo Maggiore a nord e di S. Tommaso a sud, opere di Tommaso Rodari.