The chapel in the southern apse is dedicated to the Blessed Virgin Mary.
The erection of the southern apse took place in 1627 on the Renaissance model of the central apse. Francesco Maria Richini, architect from Milan, supervised the works.
The image of the Assumption overlooks the apsidal conch in the plastic group by the stucco-worker Francesco Silva (1641).
The baroque altar, planned by Gerolamo Quadrio from Milan, required twenty years of elaboration (1666-1686). The twisted columns (1673-1674) are inspired by St. Peter’s canopy by Bernini.
On the sides of the altar two large statues of David and Solomon ), the works of G. Pietro Lironi and Andrea Radaellin respectively, look like marble, but are in fact painted wood.
The statues of saints in the niches of the apse are from the early nineteenth century (Buzzi Leone from Viggiù).
The statue of the Madonna at the center of the altar is more ancient (early 16th century); it is the work of Tommaso Rodari.
The two angels holding candlesticks on the abutment of the access arch probably come from the seventeenth-century high altar.
Before the chapel was built in this space there was the altar of St. Lucia. The altar of St. Abbondio was opposite in the northern apse to it.
Due to the presence of ground water, the foundations of the Chapel of the Blessed Virgin were laid on durmast piles. The workers were directed by an expert master builder from Piazza (Cernobbio), Marzio Dotti, the master trusted by the main financial supporter of the building, the Abbot Marco Gallio. Other powerful Como families procured copper for the roof from abroad (“Alemagna” 1639).
The stuccos inside the chapel had makers in 1640: the plasterers Giovanni and Giacomo Aliprandi for the lacunars that were gilded by Simone Alberti and the figure sculptor Francesco Silva, author of the group of the Assunta with the angels (1641), also gilded by Alberti with golden leaves procured in Milan.
In 1641 the first floor of the chapel was paved with “piodoni”, gray stones from Moltrasio (Lake Como).
Complessa fu la vicenda dell’altare: scartati i disegni di Francesco Maria Richini, del quale fece il modello ligneo Raimondo Ferabosco, quelli di Angelo Falcone e di Francesco Pozzo, nel 1666 fu Gerolamo Quadrio a fissare il disegno dell’altare, del quale fece il modello ligneo Giuseppe Gaffuri (1673). Decisivo fu il ruolo della famiglia Odescalchi, di cui Carlo era fabbriciere: al Quadrio avrebbe affidato nel 1673 per la cappella di famiglia in S. Giovanni Pedemonte l’altare di S. Isidoro, la cui statua è in Duomo nella vicina campata.
L’esecuzione della struttura marmorea delle colonne tortili dell’altare è dello scalpellino Giulio Tencalla da Bissone. I capitelli furono scolpiti da Ludovico Salvi (1675-78).
Giuseppe Gaffuri e Girolamo Garobbio intagliarono nel legno la nuvola e gli angeli che fanno da piedestallo alla statua della Vergine (1686).
La corona alla sommità è in rame dipinto a imitare il bronzo, è retta da quattro angioletti opera di Giovan Pietro Lironi.
I due angeli di marmo sono di Francesco Pozzo quello a sinistra che regge il sole (1676), l’altro di Marcantonio Petrini che regge la luna. Di scultore non identificato sono i due “angeli reggituribolo in stucco, rivestiti con tela gessata e posizionati tra le colonne tortili”.
I marmi impiegati sono il Carrara, giunto per il porto di Genova, il Musso, la macchiavecchia rossa di Arzo e il mischio di Francia.
Il 15 settembre 1686 fu solennemente collocata nell’altare la statua della Madonna.
A completare geometricamente l'abside troviamo una serie di sculture, partendo da sinistra, che rappresentano nell'ordine San Rocco, San Francesco Saverio, San Pietro Martire, Sant'Andrea Avellino, mentre a patire da destra vediamo San Fermo, Sant'Alosio Gonzaga, San Carlo Borromeo, Sant'Ignazio di Loyola.
Sul lato destro della cappella è la tomba del vescovo Alessandro Maggiolini (1989-2006, † 2008).
Durante i restauri alle pareti della cappella (2011) sono state rinvenute nei camminamenti all’altezza del primo ordine di finestroni quattro epigrafi paleocristiane fra le lastre di tamponamento delle porte in corrispondenza del secondo e terzo balcone da sinistra.